Aby zamrozić papryczki jalapeno, umyj paprykę, usuń łodygi, umieść je w opakowaniu, upewnij się, że nie ma dodatkowej przestrzeni, a następnie dobrze zamknij torebkę. Niektóre rodzaje papryki wymagają ludzi aby je wyciąć przed zamrożeniem, nie jest to konieczne w przypadku papryczek jalapeno.
Podczas zamrażania papryczek jalapeno należy pamiętać o kilku środkach ostrożności, ponieważ oleje pieprzowe mogą podrażniać skórę. Zawsze noś gumowe rękawiczki i staraj się manipulować papryką głównie z łodygi, ponieważ łodyga nie ma olejków. Po pracy z jalapenos, dokładnie umyć ręce wodą z mydłem i wyrzucić rękawice bez dotykania ich zewnętrznej części.