Czekolada zawiera kofeinę, a spożywanie jej w nadmiernych ilościach może powodować nerwowość, częste oddawanie moczu, szybkie bicie serca i trudności w zasypianiu. Kobiety w ciąży i karmiące powinny umiarkowane spożycie czekolady, podobnie jak osoby z wysokim ciśnieniem krwi, jaskrą lub zaburzeniami trawienia.
Czekolada lub kakao mogą powodować alergiczne reakcje skórne i zaburzenia żołądkowe, takie jak zaparcia, nudności, dudnienie w żołądku, gaz lub ogólny dyskomfort w jelitach. Kofeina zawarta w dużych ilościach czekolady może również wywoływać migrenę i lęki oraz spowalnia proces krzepnięcia krwi, powodując krwawienie i siniaczenie u osób z zaburzeniami krzepnięcia. Osoby z chorobami serca powinny monitorować spożycie kakao, ponieważ może to powodować nieregularne bicie serca. Zespół jelita drażliwego, biegunka i refluks żołądkowo-przełykowy są czasami pogarszane przez kofeinę.
W czasie ciąży kofeina w czekoladzie może przyczyniać się do przedwczesnego porodu, niskiej liczby urodzeń i poronienia. Karmiące niemowlęta, które spożywają kofeinę w mleku matki matki, mogą stać się drażliwe i mają zbyt częste wypróżnienia. Osoby z osteoporozą, jaskrą i wysokim ciśnieniem krwi mogą odczuwać nieprzyjemne objawy z kofeiny w czekoladzie, a każdy, kto ma przejść operację powinien zaprzestać spożywania całego kakao na dwa tygodnie przed operacją, ponieważ może to wpływać na kontrolę poziomu cukru we krwi podczas i po operacja.
