Jest wiele substytutów sera Fontina, takich jak sery Provolone, Gruyere i Gouda. Powodem, dla którego wiele serów może zastąpić ser Fontina, jest fakt, że ser Fontina ma łagodniejszy smak, który może być łatwo zastąpione różnymi opcjami, w zależności od upodobań kucharza.
Jest to szczególnie istotne z uwagi na fakt, że najczęstszą formą sera Fontina sprzedawanego na rynkach w Stanach Zjednoczonych jest duński ser Fontina. Ten rodzaj sera Fontina ma łagodny smak i delikatniejszą konsystencję niż inne odmiany sera Fontina, jak włoski ser Fontina, który ma ostrzejszy smak.
Jedna konkretna receptura, na przykład grillowany kurczak i kanapka z palonej czerwonej papryki z serem Fontina, jest doskonałym przykładem na to, jak można zastąpić ser Fontina. Sery Provolone, Gruyere i Gouda działają dobrze naśladując smak Fontiny. Ser Fontina można również zastąpić serem Emmental.
Ser Fontina sprzedawany na rynkach w USA ma zwykle gładki, kremowy i maślany smak orzechowy. Włoski odpowiednik ma jednak mocniejszy smak, ze szczególnie ostrym zapachem. Wytwarza doskonały ser stołowy i po stopieniu ma przyjemny smak. Dobrze pasuje również do białego wina i różnych receptur kanapkowych, szczególnie wspomnianego wcześniej.
