Jeśli odpowiednio przechowywany, mąka kukurydziana pozostaje świeża na półce przez około jeden rok. Jeśli przechowywany jest w hermetycznym, odpornym na wilgoć pojemniku, mąka kukurydziana może pozostać w zamrażarce przez wiele lat.
Na półce mąka kukurydziana powinna być przechowywana w chłodnym, suchym miejscu. Pojemnik do przechowywania powinien być szczelny. Ciepło i wilgoć sprzyjają rozwojowi pleśni, przez co mączka kukurydziana staje się niezdatna do użytku. Wyższe temperatury zapewniają dobrą bazę dla owadów.
Mąka kukurydziana może być bezpiecznie przechowywana w szczelnej plastikowym worku na żywność. Torebkę umieszcza się następnie w dużym, zamkniętym, czystym, szczelnym pojemniku. Jest on umieszczony w chłodnym, suchym i ciemnym miejscu nad podłogą. Powietrze musi zostać wyciśnięte z plastikowego worka za każdym razem, gdy zostanie otwarte i ponownie zamknięte.
